清乾隆五十二年（1787）十月，举人出身的路邵来任黄岩知县。路邵，字健夫，号毅斋，贵州毕节人。到任之后，当他看到黄岩诸多学子因课读无所而“妨于弦诵”，心绪忐忑，遂于乾隆五十四年（1789）春捐资建萃华书院于东城双桂巷，次年告成，自是“弦诵日盛，文风亦日以振”。按通常规制，书院一般都要建造文昌阁，不虞两年后因路邵即调任鄞县而搁置未果。所幸，乾隆五十七年（1792）六月仍回任黄岩(三年后，因病辞官归里)，于是又重议建造文昌阁之事。然文昌阁之建，所需费用不下“千金”，一时“艰于筹划”，两难之际，邑人郑作霖欣然以一身任之。乾隆五十八年（1793）年初鸠工，至翌年春季同时建成文昌阁、星照轩各三间。文昌阁中祀文昌帝君，两旁配祀唐代之韩愈与明代的刘顺征。韩愈为古文“唐宋八大家之首”，在北宋时被追封为昌黎伯，并从祀孔庙，可谓无人不知。而这位刘顺征，人们渺然莫知。从文献中我们大体可以了解到，刘顺征，字怡斋，昆明人，明万历八年（1580）进士，第二年知黄岩县，任期较长，大概一直至万历十七年（1589）左右。民国《台州府志》只记载他在任时“息事宁人，垂帘而政举，阖邑肖像刻碑建祠祀之。迭经兵燹，木像犹存，乡人至今奉之”。由此可见，他虽是一个小小知县，最终也不过官至刑部郎中，但在黄岩颇得民心。他到底为当地做了哪些惠民之事，因文献缺如，我们已不得而知。刘顺征的父亲叫刘体仁，体仁生有三子，分别为文征、顺征、信征。除信征为举人外，父子三人皆高中进士，这在昆明也算得上显赫一时的家族。

嘉庆初，原樊川书院的共315亩田地划归于萃华书院。按：此举旧志未有详载，推断系赵擢彤所为。嘉庆《太平县志》卷九《职官志》称：“赵擢彤，号睦堂，莱阳副贡，由教职升。嘉庆元年(1796)任，至七年去，中间凡三调他邑。”民国《台州府志·职官表》“嘉庆元年”下云：“赵擢彤，以太平知县兼理，礼士爱民。有惠政。”

降至咸丰年间，萃华书院毁于太平军入台之役。

同治五年（1866），陈宝善来知黄岩。陈在任两年左右，任内“重建县署，创育英堂，立义塾，奉文减田租折色钱岁七千余缗”，同时委请乡绅王葆初重建书院。建成之后，改祀杜清献，并更名为“清献书院”。

杜清献即杜范。在南宋，台州一共出了6位宰相，贤声以黄岩杜范居首，并且在整个南宋所有宰相中，也是贤声最著者之一。

杜范从政二十余年，素以清廉耿直名世，史传称其家有“薄田二顷，粗给馇粥，虽贵为宰相，未尝增尺寸。室庐仅庇风雨，见者莫知其为公相之家”。遇事忠鲠直言，不畏权奸，乃至直斥宋理宗：“宫中宴赐未闻有所贬损，左右嫱嬖未闻有所放遣，貂珰近习未闻有所斥远，女冠请谒未闻有所屏绝，朝廷政事未闻有所修饬，庶府积蠹未闻有所搜革……命令朝更而夕变，纪纲荡废而不存，无一事之不弊，无一弊之不极，陛下盍亦震惧自省！”

杜范早年就很受人们的好评，将其与司马光相提并论，可惜执政不足三月而殁，“识与不识，莫不痛伤，輀车所过，聚祭巷哭”，赐谥清献。生平著述颇丰，世人尊之为“立斋先生”。就黄岩而言，以“清献”来命名书院以纪念这位贤相，应该是最适宜不过的事了。

同治十二年（1873），黄岩县令孙憙又集资增建讲堂及东西学舍。

光绪二年（1876）六月，书院围墙为狂风所毁，邑令王佩文为之重修。

概括而言，清献书院是黄岩乃至台州近现代教育史上一张十分响亮的名片，建树之丰，尤以晚清至民国间为最。自1931年至1944年，已改名为“黄岩县立中学校”的十数年间，该校学子中先后走出了陈芳允、池志强、吴全德、黄志镗、方秦汉五位新中国的两院院士，业绩之著，更是为当时台州其他学校所难以企及。