樊川书院的历史沿革，由于文献记载的紊乱，有不少问题至今仍混沌不清。

樊川书院最初是否为纪念朱子讲学而建，它的初建地址在哪里，则是长期争议的焦点。

《台州府志》是这样记述的：“在县南五里朱文公祠后。案旧志云，旧在江北六潭山下，宋杜清献公所居杜曲地也。先是朱文公与方山二杜公讲学于此，爱其山水秀淑，称为小樊川，后人即其地建祠以祀朱子，名曰樊川书院。”所谓“方山二杜公”，即“南湖学派”的创始人杜晔与其弟知仁。杜晔先从学于临海石墪，石墪又推荐于朱熹，“于是师事紫阳者十余年”。其弟知仁后来也从学于朱子，据朱熹给杜晔的手书中所述：“中间仅得识良仲（即杜晔），而仁仲（即知仁）尚复差池，至今为恨。”可知知仁随朱子要比乃兄迟些。不过，可以肯定的是，二杜都是朱子的学生。从目前所掌握的文献看，朱子与二杜讲学的地方并不一定就在“樊川”，当然，我们也没必要急于将“樊川”坐实为朱子与二杜的讲学之地。至于樊川的地名，前文考述已详，实乃肇端于二杜之父杜椿。正是由于杜椿“名其燕游之地曰樊川”，于是杜椿也就有了“樊翁”的雅号。由此，我们大体可以梳理出樊川书院的脉络：先是杜氏兄弟从学于朱熹，继而二杜或其子辈在樊川建朱子祠以祀朱子，后来又在朱子祠的基础上营建了樊川书院。书院命名樊川，虽是因地而名，其中自然也包含了对先辈杜椿的纪念之意。

至于樊川书院的初址，我们顺着文献的记述寻找：樊川应该是杜椿、杜晔与杜知仁的居住地，也可能是杜氏后来的族居之地。而杜晔从孙杜范所居之地为杜曲，杜曲又称“小樊川”，因其地为杜姓所聚居，人们又称之为杜家村。地在城北五里，故而有些史料就将樊川书院的初址,落实到城北之杜家村。其实这种说法很难成立。众所周知，绍兴东湖旧名镜湖，又因避讳的关系称为鉴湖，唐代大诗人贺知章“诏赐镜（鉴）湖一曲”的典故则是士林的一大佳话。南宋时官至资政殿大学士的贺允中每以贺知章自况，晚年寓居临海东湖，因此他就把临海的东湖称之为“小鉴湖”。“樊川”“小樊川”与“鉴湖”“小鉴湖”的性质一样，彼此不能混为一谈，后者分明是前者的洐生名称。由此，我们完全可以排除杜家村一说。

当然，我们目前还无法对樊川书院的初址作出确切的结论，这里只是把各种想法都提供出来，以求进一步考证，这也是一种脚踏实地的态度。如果我们能找到黄岩杜氏宗谱，慢慢品读，或许从中可以找到一些更深入的线索。还有，在可能的情况下，多做些实地考察乃至考古发掘工作，找到正确答案的希望应该还是很大的。

杜氏兄弟开创的“南湖学派”，是台州历史上颇具影响的一个学派。故而，我们追溯樊川书院的历史，寻找樊川书院的遗迹，也是我们对“南湖学派”的一种纪念。